悪いのはコピペそのものではない

では文才のある人がチェックソフトで判別できないほどに文章を組み替えて
内容がまったく同じ論文を書いたらどうなるのか？

コピペと内容のオリジナル性とは無関係だろう。
コピペが存在しても内容自体がオリジナルな論文は存在しうるのだ。
第一、引用や参考論文を用いずに論文を書くことなんて不可能だし、
コピペチェッカー自体そこまで価値のあることに思えない。

うちの教授がプログラムソースのコピペチェッカーを独自開発してたけど
あれも完璧ではない、課題で同じ内容のプログラムを書けばソースなんか似通ってあたりまえ。
結局パクリかどうか判断するのは人間の頭にしかできない。(現状では)

論文は文学作品でもコンテンツの類でもない、文章の類似なんかより
もっと目を向ける場所があるとおもう。

追記：逆に考えると小説なんかの盗作チェックには使えるかもね。
　　　ああいうのは文章の構成自体に意味があるから。